2008年，中科院国际合作局组织了第三次“中国科学院与香港地区联合实验室”评估活动，该活动每三至四年举行一次。上海有机所与香港中文大学、香港大学共建的沪港化学合成联合实验室在评估中取得了第三名的好成绩，并获得了中科院的经费奖励。

参照国家重点实验室和相关中外联合实验室的评估办法，根据中国科学院与香港各大学联合实验室的特点，中科院制订了《中国科学院与香港地区联合实验室评估办法》(试行)，对各联合单元共同申请的项目和经费数、合作成果、人才培养质量、学术交流量等进行严格的统计核实，计算出分值，排出先后名次。本次参加评估的联合单元共有21个，其中既有联合实验室9个，申请新建联合研究单元12个，最后通过本次评估并得到认定的联合实验室共计13个。

该联合实验室始建于1999年，围绕手性配体的设计以及在不对称催化中的应用，天然产物的合成，金属络合物的结构化学和催化，分子设计与分子识别，自组装性能研究，催化聚合，高分子组装，计算化学与理论有机化学等领域开展研究，承担了973项目、国家自然科学基金项目等多项国家研究任务，承担了中国科学院/香港裘搓基金会联合资助项目，并取得了大量成果。至目前，以沪港联合实验室名义已发表论文44篇，包括在J. Am. Chem. Soc. 及Angew. Chem. Int. Ed.4篇。此外，通过沪港联合实验室为桥梁，有机所与香港部分研究课题组已建立合作研究关系，并共同发表论文4篇。联合培养博士研究生14名，促进了香港和内地的化学合成高层次人才的培养。